Prof. R. Soemardjo Tjitrosidojo dan empat orang lulusan pertama Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia yakni Drs. Basuki T. Siddharta, Drs. Hendra Darmawan, Drs. Tan Tong Joe, dan Drs. Go Tie Siem, mendirikan Ikatan Akuntan Indonesia (IAI) pada 23 Desember 1957.

Pada 7 April 1977, dua puluh tahun setelah IAI berdiri, Drs. Theodorus M. Tuanakotta membentuk Seksi Akuntan Publik sebagai wadah para akuntan publik di Indonesia untuk melaksanakan program-program pengembangan akuntan publik.

Dalam Kongres IAI ke VII tahun 1994, anggota IAI sepakat memberikan hak otonomi kepada akuntan publik dengan mengubah Seksi Akuntan Publik menjadi Kompartemen Akuntan Publik. Hal ini untuk merespons perkembangan pasar modal dan perbankan di Indonesia, yang memerlukan perubahan Standar Akuntansi Keuangan dan Standar Profesional Akuntan Publik yang setara dengan standar internasional.

Pada 24 Mei 2007 Institut Akuntan Publik Indonesia (IAPI) resmi berdiri. Pendirian ini diputuskan melalui Rapat Umum Anggota Luar Biasa IAI – Kompartemen Akuntan Publik. Perubahan organisasi ini ditujukan agar dapat memenuhi persyaratan International Federation of Accountans (IFAC) mengenai profesi dan etika akuntan publik. Saat ini, IAPI merupakan associate member of IFAC.

Terbit Peraturan Menteri Keuangan Nomor 17/PMK.01/2008 yang mengakui IAPI sebagai organisasi yang berwenang melaksanakan Ujian Profesi Akuntan Publik, penyusunan dan penetapan Standar Profesional dan Etika Akuntan Publik, serta menyelenggarakan Program Pendidikan Berkelanjutan, sekaligus Reviu Mutu Akuntan Publik.